1. Если это происходит, то причина этого в том, что ваша прошивка периодически проверяет наличие у контактов соответствующей учетной записи в системных настройках. Так-как для локальных контактов этой учетной записи там просто нет, она считает, что контакты нужно удалить и удаляет их. Точно так же, как при удалении, например, WhatsApp, пропадают все контакты WhatsApp.

2. Решение - перестать пользоваться локальными контактами или регулярно делать бэкапы контактов.